Е.А. Бөкетов атындағы ҚарМУ-де 2010 жылдың наурыз айына жоспарланған институционалдық ұлттық аккредиттеуге дайындық бойынша жұмыстар басталды. 2009 жылдың шілде айында университет басшылығы Қазақстан Республикасы Білім және ғылым Министрлігінің Ұлттық акредиттеу орталығымен консалтингтік қызмет көрсету жөнінде келісім шарт жасасты. Келісім шарт аясында университеттің білім беру қызметін өзін-өзі бағалау рәсімі жүргізіледі, есеп дайындалып, ҚарМУ-дың ұлттық акредиттеуден өтуге дайындығы жөнінде шешім қабылданды.
2009 жылдың 22 қыркүйегінде Студенттер мәдениет сарайында Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігінің Ұлттық аккредиттеу орталығы директорының орынбасары және аккредиттеу бөлімі бастығының қатысуымен “Институционалдық аккредиттеу барысында жоғары оқу орнының өзін-өзі бағалау өткізуі” атты семинар өткізілді. Семинарға проректорлар, бөлім бастықтары, факультет декандары мен кафедра меңгерушілері қатысты.